当然，"科学易"的研究有一个理论和方法的导向问题。首先，在理论原则上，应当承认《易》之为书的原始形态，虽是人类智慧创造的一株奇葩，但毕竟是古老中华文化发蒙时期的产物。它本身必然是在科学思维的萌芽中充斥着宗教巫术的迷信，即使经过晚周时期《易传》作者们的哲学加工，改变着其中科学思维、人文意识与神物迷信的比重成份，但仍然是原始科学与神物迷信的某种结合。因而，"科学易"作为现代形态的知识体系，必须将这种固有的科学与迷信的结合加以剥离，必须将传统易学中某些固有的神秘性(各种拜物教意识、神物迷信等等)加以扬弃。这是十分繁难的任务。因为历史地把握科学与迷信二者的区别和联系，了解二者既互相对立、排斥，又互相寄生、转化的机制，以及二者能够共生或实现转化的思想文化条件和社会经济根源，并非易事;且在实验科学所凭依的工具理性范围内得不到解决。其次，在文化心态上，应当看到鸦片战争以来的民族苦难和中西古今文化的激烈冲突，在人们思想上曾造成各种困惑和畸变心理。诸如，面对西方科技新成就，希望"古己有之"的"西学中源"说，幻想"移花接木"的"中体西用"说，都是曾经流行过的思想范式，并在中国文化走向近代化的历程中一再把人们引向歧途。显然，"科学易"的研究，应当避免再陷入这样的思想范式及其种种变形，应当跳出中西文化观中的"西方中心"、"华夏优越"、或"浮浅认同"、或"笼统立异"、或"拉杂比附"等等误区，而在传统易学与现代科学之间发现真正的历史接合点，从中国"科学易"三百年来具体的历史发展中去总结经验教训，提炼研究方法，开拓未来的前景。这一未来前景的一个重要方面，就是"科学易"与"人文易"必须相辅而行，成为易学研究中互补的两个主流学派。
