622年，麦加古莱西部落人穆罕默德创建了伊斯兰教。穆罕默德曾经这样训示穆斯林：“你们去寻求知识吧，即使远在中国。”由此，在唐武德年间(618年～628年)便有四大贤徒来中国传教：一贤传教广州，二贤传教扬州，三贤沙谒储和四贤我高士一起传教泉州，三贤、四贤死后葬在泉州城外东南灵山上，“夜光显发，里人惊异”，信有圣灵，所以称为“圣墓”，山被称作灵山，泉州也因此成为伊斯兰教的第三圣地。
灵山伊斯兰教圣墓
宋元时期，泉州成为世界性大港，自13世纪中期至14世纪中期的100年间，大量阿拉伯、波斯穆斯林客商涌向泉州，泉州城内胡商藩贾云集，寓居在南门一带的阿拉伯侨民计有10万左右，曾经出现“回半城”、“半蒲街”的盛况。全城有清真寺7座，穆斯林大小墓葬区20多处。他们在泉州建造伊斯兰教寺庙，有艾苏哈卜寺、清净寺、也门教寺、穆罕默德寺、纳希德重修寺和无名大寺等，这些伊斯兰教寺也是穆斯林商旅的社会中心。自唐至元，许多阿拉伯人和波斯人因长期住在泉州，在生活上和文化上与汉族人民相互影响，有的与汉人通婚，“有从妻为色目者，有从母为色目者”，他们的混血后裔，既保留了阿拉伯伊斯兰的宗教习俗，又吸收了汉民族的风尚，到元、明二代，便形成一支以阿拉伯人和波斯人为主要血缘关系的回回民族，成为中华民族大家庭的成员之一。伊斯兰马木鲁克王朝和中国的元朝，是泉州伊斯兰教传播的鼎盛时期。
元至正十七年到至正二十六年(1357年～1366年)，泉州港的波斯人万户赛甫丁、阿迷里丁和市舶阿巫那，介入元末宫廷内讧的夺权斗争，泉州港巨额的税收因此成为争夺的焦点，战乱长达十年，史称“亦思巴奚”战乱，导致元末明初对泉州穆斯林的歧视、凌虐、杀戮，除现存之清净寺外，几座清净寺均被拆毁，泉州的穆斯林或被杀或逃往他处或改姓换名，穆斯林人口锐减，泉州伊斯兰教走向衰弱。明清两代虽有穆斯林官员力图重振教门，但复教、入教者为数不多。
朱元璋推翻蒙古族的统治，建立明朝，寓居在泉州的外国人受到强烈冲击，许多阿拉伯人，波斯人以及他们的后裔，纷纷改用汉姓，隐瞒身世来源，流散到各地避难。有的远徙到江苏、浙江和陕西等地，有的散居在闽南各县，直到永乐五年(1407年)，明成祖发布敕谕，允许蒙古、色目人恢复原来族籍，又采取对外交好的政策，派遣郑和下西洋，国内排外风潮遂告平息。泉州回族内部出现了不少儒士化知识分子，他们一方面淡化伊斯兰教信仰，另一方面在儒礼所涉及的典章制度里，找到了儒、道、释、回四者最根本的共同点，即对天要敬，奉天、法天，对己要其心诚敬，其行明洁，此外，明代儒林士子也以儒、道、释的思想来附会伊斯兰教教义。阿拉伯人和波斯人的后裔长期与汉民族和睦相处，绵延不绝，时至今日，泉州还有阿拉伯和波斯后裔3万余人，以郭姓、丁姓、金姓为主，最大的一支是惠安白崎乡郭姓回族1万人，他们的祖先是元朝拜中书省平章政事、行省云南、追封咸阳王的赛典赤·瞻思丁。长期以来，泉州的阿拉伯和波斯后裔因分散杂居在汉民族之中，汉化日深，但受到国家的民族政策和宗教政策保护，他们的宗教仪式、婚姻丧葬、节日活动、饮食起居等生活风俗，或多或少保存着独特的回族风情。
自唐初以来，阿拉伯人与泉州足有1300多年的因缘，以伊斯兰教为主要内容的阿拉伯文化，也在泉州留下了光彩照人的史迹。北宋年间建造的泉州清净寺，是中国现存最古老、具有阿拉伯伊斯兰建筑风格的清真寺。位于泉州东郊的灵山圣墓，1300多年来受到历代政府的妥善保护，使得前来瞻仰的阿拉伯朋友深为感动。近半个世纪来，在泉州多处阿拉伯墓葬区出土了200多方十三四世纪的、刻有阿拉伯文、波斯文和突厥文的伊斯兰教徒的墓碑和石墓盖，其数量之多，内容之丰富居全国第一，使得国内外学术界惊喜不已。“亚非自古多兄弟，唐宋以来有会盟”。这许多带有异国情调的石刻遗物，引起人们对那一段富有神奇色彩历史的回想，它是中阿两个民族伟大友谊的实证，弥补了中外历史文献之不足，不仅牵动了阿拉伯朋友的宗教感情，也为中国和阿拉伯国家人民之间架起了历史和血缘的友好桥梁。
