祝由术能够盛行这么多年，肯定是存在一定作用的。其实，从原理上来说，祝由术和我们现在所说的睡眠术很像。
远古时代的人类，认为生病是神灵给予的惩罚，或者说是有妖魔鬼怪作祟。祝由术就是利用人类对于不可知现象的恐怖心理，将施展祝由术的人扮演为可以和鬼神沟通的导体，从而取得患者心理上的信任。当施展祝由术的时候，患者的注意力高度集中，而现代医学早有证明，注意力的高度集中可以显著提高患者自身的免疫力，免疫力的提高显然是有利于患者康复的。
那么为什么祝由术现在不用了呢？原因很简单，我们知道，古代的人由于各种各样的原因，普遍寿命都不长，甚至很多人活不到50岁。而人体自身的免疫系统，在30岁之前是很强大的，现在很多年轻人感冒发烧不用吃药，硬抗几天也没事就是这个道理。
古人30岁之前生了病，由于营养不良，自身的抵抗力不足以自愈，而之前我们已经解释了，祝由术可以通过提高患者注意力从而间接提高患者的抵抗力，因此，真正起作用的其实是患者自身的免疫系统。但古人不懂，这也就导致了祝由术在古代的盛行。而在现代，人们的普遍寿命都在70多岁了，这个时候人自身的免疫力已经很弱了，就算提高注意力也起不到什么作用，因此也没有什么人会再去使用祝由术了。
当然，民间还有许多关于祝由术的传说，在这些传说之中，祝由术的效果堪称神奇。
有这么一则故事，说在民国的时候，有一个来自德国的医生到中国行医治病。不幸的是，这位德国医生不知为何背上长了一个巨大的疖疮，当时试了各种医疗方法都没有作用，最后无奈决定回国做手术切除。
当时他所在医院的院长有一位朋友，这位朋友听说了这个事，于是给他介绍了一位祝由来看病。本来德国医生是不信这些的，但事到如今也只能试一试了。
于是，祝由让德国医生对着一棵树朝东闭眼站着，同时祝由用沾了朱砂的毛笔在树上画了一个圆，之后站在德国医生的背后，嘴里念着咒语，一边念咒一边拿朱砂笔在医生患病部位画圈，越画越小，越画越小……最后画到中心的时候用笔往中心一点，说一声“好了”。
神奇的事情发生了，德国医生当即就表示背不痛了，查看背部，那个大疖疮已经消失不见了。祝由指着树说：“你看。”在树上画朱砂的圈里，原本平整的树皮鼓起来一个包，形状和医生背上原来的大疖疮一模一样，德国人感到大为惊奇。
现在，全国各地也流传着各种土方偏方治病的故事，这些故事大多都和古时候的祝由术脱不开关系。这些传说有真有假，但不可否认，几千年后的今天，祝由术仍在发挥着它的作用。
