柯南的名字被怀疑是正常的。
这个问题提的很好，因为包括我自己，很多人可能没有思考过这个问题。我认为一方面原因是我们早就熟悉了柯南的名字，不会再去质疑；另一方面是剧情上没有人特别深究，包括兰和其他身边的人，以及黑衣组织（除了贝尔摩德）没有过早地注意到柯南的名字。
从漫画的角度， @手冢雨辰 和 @Paulenir 的回答已经给出的很完整了。看到这个题目我首先想到的是 @Paulenir 的回答中的情景：柯南第一天上学介绍自己，同学们笑着说「変な名前」（奇怪的名字）。兰和同学们第一次听到柯南的名字时的反应，与一般日本人通常的反应，应该是一致的。
所以，我的答案是剧情安排，而不是柯南这个名字引不起怀疑。“柯南”在日本毫无疑问是一个不同寻常，引人注目的名字，下面就来解释为什么。
首先，男生的名字不用汉字，是很少见的。参照各种取名排名（例如，明治安田生命每年的排名）就会发现，男生基本没有纯假名名字可以进入排名。现实中，除艺名外，也很难找到一个纯假名名字的男生——至少我还没有能想到的。
相反，女生的主流名字中就有一些是纯假名，例如「さくら」（樱，很少写成汉字）「あかり」（朱里名侦探柯南游戏片假名转换，等写法）。另外在小学低年级，时常会用假名代替比较难的汉字。因此男生不用纯假名，可能是包括了避免显得女性化、低幼化的考虑。
其次，不论男生女生，片假名名字都远远没有普及。由于实在没有见过，仅凭我有限的了解，可能只有「マリア」(Maria) 等女生的“外语名字”是存在一定数量的。但是即便如此，平假名形式（「まりあ」）以及汉字置换（例如「真莉愛」）都是更主流的选择。
其实很久以前，大约20世纪初期的女生名字是有很多片假名的，有着比较明显的时代痕迹，例如「トキ」「トメ」。因此若选择听上去较为“和风”的片假名名字名侦探柯南游戏片假名转换，一不小心就会变成老奶奶的名字。另外，片假名经常用于假名——“真名假名”的假名，以及暂时代替汉字，这也使片假名的称呼总有一种非正式的感觉。
柯南的名字所产生的效果，想必是经过了青山刚昌的考量的。青山在连载初期经常称柯南是一部「ラブコメ」(Love Comedy)，他的早期画风也经常被称为「ポップ」(Pop / Popular)的画风。我认为柯南的名字是体现了这种 “Comedy,” “pop”的风格，其他的例子还有兰折断电线杆、小五郎拳击柯南的脑袋制造鼓包等等。在长期的连载中柯南的风格转变，变得正儿八经推理，正儿八经维护正义起来，画风也变得写实化。这个过程中很多元素消失了，然而柯南的名字不可避免的留了下来——也许和现在严肃化的剧情和画风有一点割裂，只是读者习惯了就不会发觉。
总而言之，柯南的名字不符合一般的取名规则，因而不会是一个寻常的、不起眼的名字。柯南的名字从不被怀疑，有一点剧情设计的成分。
如果可以修改，我再来解释一下为什么"DQN name"的流行也无法掩盖柯南的名字的特异性。
